清光緒32年（西暦1906年）清朝は新政を公布実施し、巡警部を民政部に改定し、民政部の下に衛生司を設けて、その職掌は伝染病・地方病の予防及び医薬業務の管理等の事務であった。民国元年、内務部の官制規定により、衛生司を設け、4科を置いて医政・薬政・防疫・検疫の4つを分掌し、これがわが国の衛生行政の起源となった。17年国民政府は五院制を実行し、11月に衛生部に昇格して、医政・保健・防疫・統計・総務の5司に分かれ、行政院に直属し、中央に初めて独立した衛生事務主管機関ができた。しかし19年末に、中央は機関を縮小し、該部は内政部に編入され、衛生署となり、これ以後、時勢の需要により、衛生主管機関はたびたび改組された。

　民国25年11月、行政院衛生署となり、27年4月に内政部衛生署となり、29年4月に行政院衛生署となり、36年5月には衛生部となって、38年5月内政部衛生署となり、8月に内政部衛生司となり、60年3月17日に行政院衛生署が成立して今に至る。

　行政院衛生署は全国の衛生行政事務を統括し、組織法により与えられた職権として、地方衛生機関の該署主管事務の執行に対して、指示と監督の責を有する。主管事務については、地方政府の命令や処分で、法令違反或いは権限超越があると考えられるものに対して、行政院に申請してこれを停止或いは撤廃することができる。

　現在行政院衛生署の組織編制は主に、医政処・薬政処・食品衛生処・防疫処・保健処・企画室・中医薬委員会・法規委員会等の業務機関があり、また薬物食品検験局・予防医学研究所・麻酔薬品経理処・検疫総所の4つの附属機関がある。

二、移転の過程と整理の方式

　衛生署档案は未だに原機関で保存されているもの以外の、民国64年・65年・66年・68年・82年・88年に前後して行政院衛生署から国史館所蔵に移転されたもので、期間は民国24年から76年まで、全部で3,302巻ある。目録編号は〇八〇・〇八一・〇八二・〇九〇・〇九一・一〇七で、既に初歩的な整理が完了している。

三、档案内容

　一、総類：各級衛生機構組織法令、衛生法規、人事動態及び管理、業務報告、専題研究、国家長期発展、業務計画、予算及び経費、各種衛生会議及び記録、衛生教育推進、中薬典編集発行、出生証明格式統一等の案巻を含む。

　二、医政：医事人事登記任用、訓練及び進修、医療衛生機構管理、民衆無料治療、戦地傷病救助、僑胞回国治療、国人出国、公医制度建立、外籍専門家医師招聘来台等の案巻を含む。

　三、薬政：偽薬取締、誇大虚偽医薬広告取締、麻酔薬品管制、麻酔薬品輸入、麻酔薬品管理統計、米援会麻酔薬品購入処理、偽造麻酔薬品偵察、煙毒粛清、D.D.T使用停止、薬品価格調整、薬品購入及び供応、薬商管理、甲乙類西薬審査、国産薬品等の案巻を含む。

　四、食品衛生：飲水管理、発酵剤管理、輸出入食品検査、食用染料紹介、不合格食品取締、食品工廠名称及び産売数量、食品飲料管理、飲食品表示管理、味素管理強化、冷飲食品衛生管理、食品包装用紙管理、食品研究所設立、無醤油管理、輸入麺粉検疫問題等の案巻を含む。

　五、保健：乳児健康大会、口腔衛生強化、栄養麺粉推進、甲状腺食塩、国民健康検査、婦幼衛生業務、国民健康カード、食物と健康巡回展覧、胚芽米推進、地方保健業務推進等の案巻を含む。

　六、防疫：外国旅客入境検疫、ベトナム華僑帰国検疫、外国船来台検疫、来台休暇米軍検疫、出国旅客厳重検疫、軍用機検疫、港湾検疫簡略化手続改進、各種伝染病予防、混合疫苗予防接種推進、友邦寄贈、計画、私製血清取締、中国協会慈善記念切手発行、台風後災害区防疫等の案巻を含む。

　七、公共衛生：下水道改善、公衆便所・公共墓地建設、滅蝿運動推進、公共給水計画発展、檳椰咀嚼及び乱吐禁止、地方環境衛生改善、台湾山地衛生強化等の案巻を含む。

　八、国際交流：世界衛生組織、世界衛生組織歴次大会、わが国世界衛生組織加入、赤十字会聯合会、国際微生物学会、国際針灸学会、国際心臓学会、国連児童基金会のわが国国民教育実施協助、ベトナム水害救済品寄贈、万国赤十字会、各種国際医学会議、国際衛生人員訪華、泰北難民村薬品供応、国連麻酔薬品公報及び統計表等の案巻を含む。