民国17年10月25日に行政院は成立し、国家の最高行政機関として、内政・外交・財政・軍政・教育・交通・経済・農鉱・僑務・蒙藏・文化等の国家行政事務を管轄した。行政院の初期は内政・外交・財政・軍政・海軍・教育・交通・鉄道・工商・農鉱・衛生等の部及び建設・蒙藏・僑務・禁煙等の委員会が設置された。その間しばしば数次にわたる変革・統廃合を経た。行憲後は内政部・外交部・財政部・国防部・教育部・交通部・司法行政部・農林部・工商部・社会部・水利部・地政部・衛生部・糧食部・蒙藏委員会・僑務委員会・資源委員会・主計処・新聞局の計14部3会1処1局が設けられた。

　行政院組織法第三条によって8部2会が設けられ、すなわち内政部・外交部・財政部・経済部・交通部・国防部・教育部・法務部・蒙藏委員会・僑務委員会である。同法第五条によって行政院主計処・行政院新聞局が設置された。同法第六条によって行政院衛生署・行政院環境保護署・行政院海岸巡防署・国立故宮博物院・行政院大陸委員会・行政院経済建設委員会・行政院国軍退役官兵輔導委員会・行政院青年輔導委員会・行政院国家科学委員会・行政院研究発展審査委員会・行政院農業委員会・行政院文化建設委員会・行政院労工委員会・行政院公共工程委員会・行政院原住民委員会・行政院体育委員会が設けられた。同法第十四条により行政院北米事務協調委員会が設置され、憲法増修文第九条によって行政院人事行政局が設けられ、中央銀法第一条によって中央銀行が置かれた。また原子力法第三条により行政院原子力委員会が設けられ、公平交易法第二十五条及び第二十九条によって行政院公平交易委員会が設置され、消費者保護法第四十条に基づき行政院消費者保護委員会が置かれて、公職人員選挙罷免法第八条によって中央選挙委員会が設けられた。全部で8部2会1行1処2局3署1院17委員会の35機関が一級行政機関に属する。

　行政院は総統に指名された院長一名を置き、立法院の同意を経てこれが任命される。他に行政院副院長一名、各部会長及び部会を管轄しない政務委員若干名が行政院院長より総統に提案されて任命される。行政院は行政院会議を設け、行政院院長・副院長・各部会長及び部会を管轄しない政務委員によってこれを組織し、院長を主席とする。行政院会議は関係人員を招聘列席させて質疑に備えることができる。立法院に提出する凡そ全ての法律案・予算案・戒厳案・大赦案・宣戦案・講和案・条約案及びその他の重要事項、あるいは各部会共同事項は、行政院会議の決議を経なければならない。

　行政院内部には秘書・政務両処が設けられ、民国29年会計・人事条例によって、会計処及び人事室が設けられた。37年政務処は撤廃され、秘書長により一切の事務の責任が負われ、その下に秘書・会計両処及び統計・人事両室が設けられて、会議記録・文書処理・印鑑管理及び会計・統計・人事等の事項を処理した。現在行政院内には秘書室・第一組・第二組・第三組・第四組・第五組・第六組・第七組・国会連絡組・人事室・会計室・政風室・法規委員会・訴願審議委員会・復審審議委員会が設けられている。

二、移転の過程と整理の方式

　国史館所蔵の行政院档案は、行政院秘書処が民国61年から82年にかけて分割して移転した大陸から台湾に移送された旧档案及び台湾時期の時効となった案巻で、目録記号は〇六一・〇六二・〇六三・〇六四・〇六七・〇六八・〇六九・〇七〇・〇七一・〇八三・〇八四・一〇八であり、全部で16,962巻あり、期間は民国18年2月から63年6月までである。この档案は、既に国史館が全て初歩的な整理を完了させており、その中で既に1,500巻は詳細な整理が完了している。

三、档案内容

　行政院档案は、含まれる範囲が甚だ広く、その主要な内容は以下のものを含む。

　一、総類：国民政府施政方針、各部会移交帳簿、地方視察、行政院長立法院施政報告、立法委員質疑、三民主義青年団、中国国民党中全会、国大代表及び監察委員提議案、国民参政会、国策顧問及び戦略顧問委員会、各省参議会、各部会、省市政府及び所属単位組織条例、国民政府、監察院及び監察使暑組織法及び審査法規、国大代表選挙、非常時期服務団委会、各省訓練団組織規程、抗戦建国綱領及び動員戡乱完成憲法綱要などの档案を含む。

　二、主計：反共抗露戦士授田加増?法、中央総予算、会計報告審査送付規定、予算編成審査?法、予算執行?法及び決算法、総理陵園管理委員会、各省市政府及び参議会、選挙事務所、各級警察機構、内政部、地政部、地政署、賠償委員会及び各級衛生機構経費などの档案を含む。

　三、人事：各省分設試験任命処、公務人員、先賢先烈、殉難、抗戦及び国家有功人員報奨及び奨励、国葬、公葬、高等普通試験、非常時期公務員任用規定及び公務人員任用・試験審査・救済等人事に関する規定及び法令疑義解釈、県長・地政・主計・教育・警察等人員任用規定、各部会・各省政府及び所属機関人員及び駐外人員任免、外国人士褒章、友邦人士贈賞及び褒章発布基準などの档案を含む。

　四、行政：行政革新、行政三聯制、行政院及び所属機関、各部会及び各省市政府施政計画、業務報告、業務検討及び業務考査、行政院会議記録、国営事業機関業務考査、公文様式、各省政治成績比較表及び各省新県制実施報告などの档案を含む。

　五、内政：中央機関組織権責、省県市機関権責区分、行政区域調整、県市増設及び県界区分、地方自治実施及び各種選挙事務、戸籍全面調査、台湾福建地区人口統計、省市議会組織、災害救済及び社会救済、救済委員会、二五減租、三七五減租、公地分配、耕者有其田、土地改革計画、地政計画、地政機構及び土地管理、省県市郷鎮都市計画、記念祝日、忠烈祠設立、偽組織、犯罪者指名手配、政治犯釈放、合作事業、労工事務、外人帰化、人民集会結社規定、請願及び訴願などの档案を含む。

　六、外交：外国賓客訪華、各種国際会議出席、難民救済、九龍及び沙面事件、中外条約、中外邦交、租界回収及び整理、対外援助、戦犯処理、国連憲章、駐外使館設置、各国駐華大使及び国際政情などの档案を含む。

　七、国防：戦地政務、共産党各省活動、剿匪及びその附属匪賊の反乱、青年軍、国防計画、戦時行政計画、総政治作戦部業務報告、抗戦戦死将兵勝利救済金及び報奨、陸海空軍人事任用及び退役俸給規定、戦時法規、軍政部及び軍事機構組織条例、各省保安部隊、各省戡乱建国動員委員会、綏靖公署、警備司令部及び師団管区組織規程、陸海空軍復員、軍官昇任・叙任及び転任、抗戦烈士遺族救済などの档案を含む。

　八、財政：儲蓄券発行?法、地賦減免、租税徴収、財政整理、租税機構組織規程、税務人員管理及び各種税収管理規定などの档案を含む。

　九、教育：各級学校設立及び改制、科学館設立、故宮博物院、学生運動、中英、民衆教育などの档案を含む。

　十、司法：漢奸公開裁判及び文化漢奸懲罰、司法官任用条例、司法院、行政法院、司法院法規委員会及び公務員懲戒委員会組織法、最高法院分法廷設置暫行条例、法令疑義解釈、司法人員訓練、行政訴訟及び戦争犯罪者審判?法などの档案を含む。

　十一、経済：経済研究、経済情報、国際貿易、日匪貿易、開墾、工業奨励、川康建設建議、経済緊急措置、国営事業組織大綱及び法令疑義解釈などの档案を含む。

　十二、交通：交通建設、交通復員、航運管理、電信、郵政、鉄公路建設、鉄路貸款協力、中外航線、船隻損失賠償、港湾建設及び開放、気象機構及び法令疑義解釈などの档案を含む。

　十三、衛生：疾病防止計画、煙毒防止、医務人員、各級衛生機構、医院、医学校組織条例、医療用品管理、医療紛争、還都交通衛生実施?法、医務人員徴用及び訓練、医薬対外援助などの档案を含む。

　十四、蒙藏：蒙藏委員会設計審査委員会組織規程、偽蒙人事資料、ダライラマ転世及びダライラマ日タイ訪問、パンチェンラマ逝去、蒙藏動態、青康藏会議、辺境業務研修会及び西藏反共などの档案を含む。

　十五、僑務：華僑事務、外僑管理、外僑保護、外僑送還及び財産処理、僑民登記規則、僑務機構組織規程及び僑民救済などの档案を含む。